Logo Masjid Al Amin adalah Ornamen Islam yang memiliki makna mendalam, melambangkan Masjid Al Amin menggunakan Arsitektur Islam berkemajuan yang mencerahkan dan membawa nilai-nilai Islam. Di tengah logo terdapat tulisan Arab “Muhammadiyah” melambangkan milik Muhammadiyah yang amaliyah ibadah sesuai keputusan Tarjih. Gambar masjid menara satu menunjukkan masjid al Amin.

Berikut adalah penjelasan lebih detail mengenai unsur-unsur logo Muhammadiyah:

• Ornamen matahari : Elemen dekoratif Islam yang tegas memiliki makna simbolis bahwa Masjid Al Amin dibangun dengan arsitektur Islam yang mengandung aspek spiritual dan keagamaan. 
• Warna Kuning : melambangkan optimisme, keceriaan, dan selalu bergerak
• Warna Biru Muda : melambangkan ketenangan, kedamaian, kepercayaan diri
• Warna Biru Tua : melambangkan kewibawaan, kemandirian.
• Tulisan Arab “Muhammadiyah”: Menunjukkan bahwa Masjid Al Amin milik organisasi Muhammadiyah yang amaliyah ibadah sesuai keputusan Tarjih.
• Gambar Masjid : menunjukkan Gambaran Masjid Al Amin bermenara satu.
• Identitas Al Amin : tulisan melingkat ataupun yang datar sesuai penggunaannya untuk mempertegas identitas Masjid Al Amin

Logo Masjid Al Amin bukan hanya sekadar simbol, tetapi mengandung aspek spiritual dan keagamaan dalam sebuah ornamentasi penyebaran ajaran Islam yang rahmatan lil alamin.